Bên dưới kim tự tháp là một mê cung các phòng có tổng chiều dài gần 6 km và sâu 28 mét[11]. Những phòng này dùng để chôn cất các thành viên trong hoàng tộc và cất giữ kho báu và lương khô. Các phòng này được xem là nơi ở của các linh hồn trong hoàng gia. Có khoảng 40.000 cái hũ, bình được chôn trong mộ[3].

Nơi chôn cất chính của nhà vua được xây dựng bằng đá granite rất chắc chắn. Sau khi hạ huyệt xong thì cửa vào được lấp lại bởi một viên gạch nặng 3,5 tấn[4]. Không có một thi hài nào được phát hiện bởi vì những tên trộm mộ đã vơ vét gần như là sạch bách. Trên trần của phòng mộ là phù điêu của một ngôi sao 5 cánh. Djoser đã mong muốn được hóa thân thành sao Bắc cực - ngôi sao không bao giờ đổi hướng, để mãi mãi được trường tồn như ngôi sao kia[1][10].

Đền thờ phía bắc là nơi thực hiện các nghi lễ cúng bái sau khi vua băng hà. Phía đông của ngôi đền này là sảnh Serdab, nơi linh hồn của ông ngự trị[10]. Đền thờ chính được xây ở phía bắc thể hiện mong muốn trường tồn vĩnh cửu như sao Bắc cực của nhà vua thuộc Vương triều thứ 3. Nhưng sang Vương triều thứ 4, đền thờ lại quay mặt sang hướng đông ám chỉ sự "tái sinh" mỗi ngày của Mặt trời[11].

Sảnh Heb-sed, nơi dành để làm lễ Sed, lễ kỷ niệm 30 năm lên ngôi của một pharaon, do đó Djoser sẽ tiếp tục được cai trị ở thế giới bên kia[1]. Xung quanh sảnh này là các nhà thờ nhỏ với các dãy cột và một số bức tượng[12].